نظیر پوست، در سطوح مخاطی دستگاه های گوارش و تنفس نیز به لنفوسیت ها و سلول های عرضه كننده Ag برخورد می شود كه باعث آغاز پاسخ های ایمنی علیه عوامل بیگانه بلع شده و یا استنشاقی می شوند. همانند پوست، اپی تلیوم مخاط به عنوان سد فیزیكی بین محیط خارج و داخل بدن به حساب م یآید. بیشتر دانش ما در مورد ایمنی مخاطی براساس مطالعاتی است كه روی دستگاه گوارش انجام شده است. در مقابل، اطلاعات چندانی در زمینه پاسخ های ایمنی در دستگاه تنفس دراختیار نمی باشد، گو اینكه مجاری تنفسی، یك راه اصلی برای ورود عوامل بیگانه به حساب می آیند. به نظر می رسد كه ویژگی های پاسخ های ایمنی در انواع مخاطات بدن ، احتمالا“ مشابه یكدیگر باشند. اكثر لنفوسیت های موجود در اپی تلیوم، سلول های T هستند. در انسان، اكثریت این سلول ها را سلول های TCD8+ تشكیل می دهند. در انسان ، تنها حدود 10% داخل اپی تلیوم واجد گیرنده های γδ(گاما و دلتا) هستند، البته این رقم از درصد این سلول ها در سایر بافت ها بالاتر است. سلول های T داخل اپی تلیوم، تنوع بالایی از گیرنده های شناسایی كننده آنتی ژن را از خود نشان نمی دهند چرا كه احتمالا“ صرفا“ در پاسخ به Ag های متداول وارد واكنش می شوند. لامینا پروپریای روده واجد جمعیت مختلطی از سلول هاست كه این سلول ها عبارتنداز : لنفوسیت های T كه اكثر آنها كه اكثر آنها بوده و به صورت فعال در آمده اند، تعداد بالایی از سلول های B و پلاسماسل های فعال، ماكروفاژها، سلول های دندریتیك، ائوزینوفیل ها و مست سل ها. علاوه بر بافت لنفاوی منتشر، سیستم ایمنی مخاطی واجد بافت های لنفاوی سازمان یافته نیز می باشد كه مهمترین آنها پلاك های پ هیر در روده كوچك است نظیر فولیكو لهای لنفاوی طحال و گره های لنفاوی، نواحی مركزی این فولیكول ها غنی از سلول های B بوده و غالبا“ دارای مراكز زایا هستند. پلاك های پی یر، همچنین واجد تعداد اندكی از سلول های TCD4+ نیز می باشند كه عمدتا“ در فضای بین فولیكول ها قرار گرفته اند. در موش، 50-70 % از كل لنفوسیت های موجود درپلاكهای پی یر را سلو ل های B30-10% را نیز لنفوسیت های T تشكیل می دهند. بعضی از سلولهای اپی تلیال كه روی پلاكهای پی یر قرار گرفته اند، سلول های تخصصی M غشایی هستند. این سلولها (فاقد میكروویلی (پرزهای كوچك بوده و از لحاظ پینوسیتوز، فعال می باشند به طوری كه باعث انتقال مولكول های بزرگ از لومن روده بداخل بافت های زیر اپی تلیوم روده می گردند. به نظر می رسد كه سلول های M نقش مهمی در تحویل Ag به پلاك های پی یر داشته باشند. البته شایان ذكر است كه سلولهای Mفقط نقش حامل داشته و هیچ وظیفه های در زمینه عرضه آنتی ژن ندارند. در آپاندیس نیز به فولیكولهایی مشابه پلاك های پی یر، به فراوانی برخورد می شود ضمن آنكه می توان تعداد پایینی از این فولیكول ها را در بخش اعظم دستگاه های گوارش و تنفس ملاحظه كرد. لوزه ها نیز از جمله بافت های لنفاوی مخاطی می باشند كه به پلاك های پی یر شباهت دارند. پاسخ های ایمنی نسبت به آنتی ژن های خوراكی از چند جنبه اصلی با پاسخ به آنتی ژن های وارد شده به سایر مناطق بدن تفاوت دارد. دو تفاوت اصلی عبارتند از مقادیر بالای IgAدر سطوح مخاطی و القای تحمل در سلول هایT اختصاصی آنتی ژن به جای فعال شدن این سلول ها میشود.